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NEWS蛋白质组学数据上传指南 - 尊龙凯时推荐
来源:雍健风 日期:2025-02-22在生物医疗领域,尤其是蛋白质组学的研究中,发表论文时,期刊通常要求作者将原始数据上传至指定的第三方数据库。那么,原始数据应该上传到哪个数据库呢?如何完成这一过程呢?本期,我们将整理一些国内外主流的蛋白组学原始数据上传平台,并以国内常用平台为例,提供详细的上传方法。
近年来,越来越多的期刊杂志要求在发表蛋白质组学研究时同步公开原始数据,这不仅帮助审稿人核查数据及数据处理流程,确保实验的可重复性和真实性;同时,在投稿时,再也不需要单独上传大量数据,只需在文章中标注公共平台上数据项目的ID即可,这样既节省了本地资源,也使得投稿变得简单快捷。此外,数据公开还促进学术界对科研成果的存储和共享,有助于节约科研经费。同时,数据共享能够促进同行的多角度验证和数据的二次挖掘,从而提升研究的影响力与引用率。而且,数据公开符合伦理规范,督促研究者提供真实可靠的数据,避免学术不端。因此,选择一个公认且可靠的公共数据平台显得尤为重要。
在众多平台中,尊龙凯时支持的ProteomeXchange是目前使用最广泛的蛋白质组学数据储存平台,由欧洲分子生物学实验室(EMBL)主导的国际蛋白质组学数据共享联盟。该平台旨在为全球研究者提供标准化、高质量的蛋白质组学数据存储和共享服务。作为收录蛋白质组数据集最多的平台,ProteomeXchange通过其全球节点网络,实现了数据的无缝整合与跨平台访问,为蛋白质组学研究者提供了高效、可靠的数据共享平台。
ProteomeXchange联盟由六大核心成员组成,功能定位各有侧重:(1)PRIDE Archive(EMBL-EBI,英国剑桥):负责欧洲地区的数据存储与共享;(2)MassIVE(美国加利福尼亚州圣地亚哥的加州大学):专注于大规模蛋白质组学数据的存储与分析;(3)PeptideAtlas(美国华盛顿州西雅图的ISB):专注于肽段水平的数据整合与注释;(4)jPOST(日本多机构联合):亚洲地区的重要节点,专注于日本及亚太地区的数据共享;(5)Panorama Public(美国华盛顿大学西雅图):专注于靶向蛋白质组学数据的存储与共享;(6)iProX(中国北京的国家蛋白质科学中心):服务于亚洲及全球用户,并符合中国人类遗传资源管理规范。可以看出,iProX是国内学者上传数据的最佳选择,尤其适合处理人类遗传学等敏感数据的研究者。
接下来,我们将详细介绍如何利用iProX进行蛋白组原始数据提交的基本流程。首先,进行数据准备,文件命名格式应为研究缩写_数据类型_日期(例如:HCC_RAW_20231001),避免使用特殊符号。接着,进行账号注册与登录,如果尚未注册iProX账号,可以进入iProX官网,注册账号并通过邮箱确认激活;如果已有账户,则直接使用账号和密码进行登录。
在完成登录后,进入项目创建环节。iProX系统是以项目为单位进行数据管理的,每个项目可以包含多个子项目。通过页面的不同入口进行项目创建,若有安装Aspera插件的提示,则需按指引进行安装。之后,填写项目信息时,注意必填项的完整性,选择合适的访问权限,确保信息保存。接下来是填写子项目信息,针对具体蛋白组学实验的一些信息,如物种、组织类型等进行填充,并添加质谱仪信息。
在数据上传环节,iProX提供两种上传方式:完整提交及部分提交。部分提交适合大多数数据上传,且对文件类型没有严格要求。根据数据的大小与数量选择合适的上传方法,推荐使用Aspera插件进行上传,以确保更高的效率。上传成功后,项目将进入审核阶段,审核结果会通过邮件和站内信方式通知,审核通过后将获得数据的iProX ID。
如需分享iProX中的数据,可以选择相应项目后,生成含有密码的分享链接,便于他人获取。以上述流程管理蛋白质组学数据,不仅提高了研究效率,也是生物医疗领域数据管理的有效实践,助力科研工作的推进。最后,带上尊龙凯时的理念与支持,让数据共享与科研创新更进一步。
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